Tidligere betegnelser var Bakkanum i 1344, Backe i 1575, Bache i 1723. Navnet er det oldnorske bakki i betydningen elvebredd etter gårdens beliggenhet. Tillegget Prestabakke har gården fått senere fordi den var kirkegods.
Gården er en av de som tidligst omtales i vår bygn. I 1344 eide kong Magnus Erikssøn 5 og 6 ørtuger bols jord, og i 1391 anfører biskop Eystein at Enningdalens kirke eide en halv markebols jord i gården. I 1542 eide Vor frue Alter i Mariakirken i Oslo 3 skinn i Westerbacke, det nåværende Vestbakke, en del av Prestebakke.
I 595 var det anført at Oslo kapitel eide 3 kalveskinn på Westerbacke. Etter Povl Huitfeldts stiftsbok fra 1575 hørte 1 hud i Bache til Enningdalens kirkes “indkompst”, mens Hoffs præbende av Mariakirken i Oslo i 1595 eide en halv hud.
Ålefisket ved Prestebakke nevnes som en rettighet tilhørende kirken.
I 1617 eide Gerlof Nettelhorst gården. Senere gikk hele gården inn under kronen.
I 1723 eider Kongelig Majestet hele gården, men den brukes av Ole Asbjørnsen. Imidlertid erverver eierne av Berby også Prestebakke og gården ble sammen med Truels Wiels øvrige eiendom i 1894 solgt til Johs. Arbo Wiel. Hans enke overtok den i 1844 for 5200 spdlr. , men 10 år senere kjøpte hennes svigersønn Niels A. Stang gården for 10500 spdlr. Etter Nils Stang tok sønnen Andreas Stang Prestebakke. Deretter Fabian Stang.
Ingen gård i hele bygda har en så rik historie fra krigsårene å vise til som Prestebakke. Både Karl 12`s felttog, i 1808 og i 1905 under grensevakten var gården et midtpunkt for begivenhetene. Enningdalens kirke og Prestebakke stasjon lå på gårdens grunn.
Husmannsplasser under Prestebakke:
- Begemoen (Moen)
- Brendevinplassen (Plassen)
- Danmark
- Holtet
- Kiørstadbraaten (Bråtane)
- Møllerbakken
- Sagjordet (Saugjordet)
- Vestbakke
- Åsen (Tormoe Aasen)
Kilde: Harald Bakke. Id herred – En grænsebygds historie. Fredrikshald 1915