Tidligere navn er Bæssabærgha (nedre). Dette viser navnets opprinnelige form, som har vært Bersaberg (Bessaberg) etter mannsnavnet Bersi eller Bessi.

Opprinnelig er antagligvis gården en del av Berge og er oppkalt etter en fordums eier. Fra 1593 kjenner vi skriveformen Bisseberg. Sener omtalt som Biisseberg i 1604, Besseberre i 1626 og Bisseberg i 1723. Matrikelens form Besseberg er således den riktige, og stemmer også med bygdeuttalelsen.

I 1397 eide Idd Prestebol 5 øresbol i Bisseberg nedre. Tjostolv Skjolm og Halvard Skjolm var da eiere av hver sin del av Bisseberg (øvre og nedre)

Fra kirkegods kom gården snart over i bondeeie. I 1723 var Ole Iversen og hans søster gårdens eiere. Han var forøvrig en av bygdas mest ansette menn. I 1801 var den ett bruk, og det har den stort sett vært i ettertid.

I 1942 bestod gården av 120 dekar dyrket innmark, 30 dekar annen innmark, 700 dekar produktiv skog og 430 dekar annen utmark. Eier av gården var Bjarne Bissebrg, gift med Sofie Hejer. de hadde barna Johan-Martin, Reidar, Bjarne-Kristian. Gården hadde på dette tidspunktet vært i familien siden 1868.

Kilder:
Harald Bakke. Id herred – En grænsebygds historie. Fredrikshald 1915
Berg/Borgedal: Norske Gaardsbruk: Østfold Fylke – Oslo 1942